导致胎儿畸形的主要因素是遗传和环境因素，大多数的畸形是由综合因素引起的。
化学致畸因素的预防
一些药物或环境中的污染物对胎儿有致畸作用。例如镇静剂、抗肿瘤药、抗癫痫药、抗结核药、抗菌素等都可引起畸形；环境中的污染物特别是有机汞、杀虫剂、去锈剂对胎儿的危害也要引起人们的充分注意。缺乏某些微量营养素（例如碘、叶酸、锌、维生素A等），也会导致胎儿畸形的发生率增加。
一、妇女怀孕期间乱服药物危害大
有些药物也致使胎儿发生畸形，例如抗癌药，抗癫痫药以及大剂量的镇静剂、抗甲状腺药等有较明显的致畸作用；妊娠早期使用雄性激素、雌性激素以及避孕药等均可引起胎儿发育异常以及其他畸形；某些抗生素也可以引起胎儿畸形，四环素类抗生素可引起骨骼发育障碍，牙釉质发育不良；链霉素类抗生素可造成胎儿障碍。孕期禁用的中成药有牛黄解毒丸、大活络丹、小活络丹、六神丸、牛黄清心丸、开胸顺气丸、十滴水等药物。孕妇应该慎用的药物还有：藿香正气丸，防风通圣丸等。
预防：孕妇用药必须将母婴作为一个整体来考虑；可用可不用的药物尽量少用；任何药物的使用均应在医生指导下；必须药物时，当两种以上的药物同样有效时，应选择对胎儿无害或危害小的一种（例如抗生素顺序选用青霉素、螺旋霉素、红霉素、先锋霉素等）
二、孕妇微量元营养素缺乏会严重危害胎儿的生长发育
（1）钙是组构成骨骼和牙齿的重要成分，当孕妇因钙摄入量不足引起中等程度或短期缺钙时，母体易患骨质疏松症；当母体严重缺钙或长时间缺钙，可使胎儿的骨骼钙化和生长发育受到影响。
（2）孕妇严重贫血可导致出生婴儿低体重发生率增高。新生儿体内铁贮存不足，不能满足4个月的需要而易较早发生贫血。
（3）新生儿先天畸形与孕妇缺锌有关。
（4）孕妇体内缺碘会引起早产、死胎、先天畸形等。孕妇补碘应视实际情况而定，正常人每日最低需要碘为75微克，孕妇及乳母每日应增加50微克。并注意摄入含碘丰富的食品。如果想知道是否缺碘，可通过测定尿碘含量来评估体内碘的营养状况以及是否需要补充碘。
（5）孕期维生素A缺乏或过多也可导致先天缺陷。孕妇严重缺乏维生素A可导致失明，所生婴儿可表现为无眼或小头畸形；孕期服用大量维生素A制剂，可能会导致所生婴儿发生左肾积水或双侧输尿管先天畸形。
（6）孕妇严重缺乏维生素D时，会影响胎儿的骨骼发育并造成牙齿发育缺陷或出现先天性佝偻病。
（7）叶酸缺乏将会严重影响母体内胎儿大脑神经的生长，因而造成不同程度的不良后果，如神经管畸形。神经管畸形是无脑畸形、脊柱裂等一系列疾病的统称。我国平均每6分钟出生一例，居世界首位。国内外的研究发现，胎儿唇腭裂以及先天性心脏病与叶酸缺乏有关。
（8）孕妇严重缺乏维生素B1，会导致新生儿出现先天性脚气病，严重者甚至会死亡。